Office365 の支払い方法は２つあります。
- 銀行振り込み
- クレジットカード
通常、企業で利用する場合には銀行振り込みを選択したくなりますが、１テナント当たりの、月額合計請求金額が一定額以上（2013年4月時点で、24,250円/月）でないと請求書払いには対応せず、クレジットカード決済しか出来ません。
→参考：請求とお支払い（公式wiki）
→参考：課金と支払について（公式フォーラム）
→参考：請求書の確認方法
少人数で契約したい場合に月額2万円を超えるのはあまりないと思いますので、会社の法人クレジットカードで申し込みをする必要があるわけですが。。。
なかなか法人クレジットカードを持っている企業は少ないかと思うので、ちょっとハードルが上がってしまいますね。
クレジットカード払いを回避する案
素晴らしい指摘を頂きました
@office365room 年間一括払いだと４アカウント（E1）で請求書払い可能ですよ
— Atnk(アト)さん (@atnk_ff11) 2013年6月10日
１回の支払い金額が24,250円を超えればよいので、年間一括払いを指定すれば条件クリアです。
例えばE1を4アカウントを一括払いすると、25,000円を超えます。
660円ｘ４アカウントｘ１２ヶ月＝31,680円
法人クレジットカードを持っていない場合は、年間一括払いをご検討ください。
実際の請求
最初にメールが届きます。（詳細は上記の請求書の確認方法を参照してください）
メールに書かれているポータルサイトから、請求書PDFを出力することが可能です。
詳細は参考リンク：請求書の確認方法を参照してください。